Суть масштабного разбирательства крылась в результатах проверки федерального контрольного ведомства. Аудиторы Счетной палаты выставили требование вернуть в государственную казну 14,3 миллиарда рублей. По версии проверяющих, концессионер необоснованно получил из бюджета налог на добавленную стоимость (НДС) по тем расходам, которые изначально и в полном объеме были профинансированы за счет безвозмездных государственных инвестиций. Общая стоимость возведения трассы составила 140 350 000 000 рублей, из которых 96 млрд выделила федеральная казна в виде капитального гранта.

Московский процесс напрямую блокировал другое судебное разбирательство, развернувшееся в Арбитражном суде Самарской области. Там региональное министерство транспорта пыталось оспорить предписание управления Федерального казначейства о возврате в бюджет 3,25 миллиарда рублей. Эта сумма являлась частью компенсации из-за резкого удорожания стройматериалов. Понимая, что казначейские претензии юридически входят в состав тех 14 миллиардов, которые требует Счетная палата, юристы компании и самарского правительства добились приостановки местных слушаний, чтобы избежать риска двойного взыскания денег.